Pour le calcul du montant de la valeur ajoutée des cotisations de taxe professionnelle, les dépenses incombant au propriétaire et mises contractuellement à la charge du locataire doivent être regardées comme des compléments de loyer non déductibles.
La Régie autonome des transports parisiens (RATP) a demandé à bénéficier du plafonnement en fonction de la valeur ajoutée des cotisations de taxe professionnelle auxquelles elle a été assujettie au titre de l'année 2002. Pour ce faire, elle a notamment traité comme des consommations de biens et services en provenance de tiers pour le calcul du montant de la valeur ajoutée prévu à l'article 1647 B sexies du code général des impôts, l'ensemble des sommes inscrites sur le compte 614 "charges locatives et de copropriété".
L'Administration, estimant que ces sommes constituaient des compléments de loyer, a remis en cause cette déduction.
La cour administrative d'appel de Versailles a prononcé la décharge des cotisations supplémentaires de taxe professionnelle en litige.
Dans un arrêt du 7 décembre 2012, le Conseil d'Etat considère qu'il résulte de l'article 1647 B sexies du code général des impôts dans leur rédaction en vigueur l'année d'imposition en litige que les charges locatives payées par le locataire sont, contrairement aux loyers, déductibles pour le calcul du montant de la valeur ajoutée prise en compte pour le plafonnement des cotisations de taxe professionnelle.
Toutefois, la Haute juridiction administrative estime que la CAA a entaché son arrêt d'une erreur de droit, "en se référant exclusivement à la qualification de charges locatives donnée aux sommes en litige par les termes de la convention de bail liant la RATP au propriétaire des locaux qu'elle louait pour les besoins de son exploitation, pour en déduire que ces sommes étaient intégralement déductibles, sans distinguer, parmi ces sommes, entre celles qui correspondaient à des dépenses incombant au propriétaire et mises contractuellement à la charge du locataire, qui devaient être regardées comme des compléments de loyer non déductibles, et celles qui devaient être rattachées à la catégorie des charges locatives incombant effectivement au locataire".
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