La demande de modification substantielle d'une autorisation environnementale n'est pas obligatoire pour examiner la nécessité, pour l'exploitant d'un parc éolien, d'obtenir une dérogation "espèces protégées".
Un préfet a autorisé, par plusieurs arrêtés portant permis de construire devenus autorisation environnementale, plusieurs sociétés à exploiter des parcs éoliens.
A la suite du constat de plusieurs cas de mortalité de spécimens d'espèces protégées, le préfet a imposé à ces sociétés, par plusieurs arrêtés, des prescriptions complémentaires afin d'assurer la protection de l'avifaune et des chiroptères.
Des arrêtés complémentaires ont été pris par la suite pour prescrire de nouvelles mesures.
Plusieurs associations ont demandé au préfet de faire usage des dispositions de l'article L. 171-7 du code de l'environnement.
Elles ont saisi le juge administratif en annulation des décisions implicites de rejet.
La cour administrative d'appel de Toulouse, par deux arrêts du 20 avril 2023, a rejeté les requêtes.
Les magistrats d'appel ont estimé que le préfet ne pouvait légalement faire droit à ces demandes puisque les sociétés bénéficiaient toutes d'autorisations environnementales définitives et ne pouvaient, dès lors, être regardées comme exploitant une installation sans autorisation.
Le Conseil d'Etat, dans un arrêt rendu le 31 décembre 2024 (requête n° 475236), annule les deux arrêts d'appel.
Les dispositions des articles L. 181-2, L. 181-3, L. 181-22, L. 411-2 et R. 411-6 du code de l'environnement imposent, à tout moment, la délivrance d'une dérogation à la destruction ou à la perturbation d'espèces protégées dès lors que l'activité, l'installation, l'ouvrage ou les travaux faisant l'objet d'une autorisation environnementale ou d'une autorisation en tenant lieu comportent un risque suffisamment caractérisé pour ces espèces, peu important la circonstance que l'autorisation présente un caractère définitif ou que le risque en cause ne résulte pas d'une modification de cette autorisation.
De plus, lorsque la modification de l'autorisation conduit l'autorité administrative à imposer des prescriptions complémentaires dont l'objet est d'assurer ou de renforcer la conservation d'espèces protégées, les dispositions des articles L. 181-14, R. 181-45, R. 411-10-1 et R. 411-10-2 du code de (...)
