L'administration fiscale peut empêcher un assujetti d’obtenir la déduction de la TVA payée en amont sur une opération qu'elle a requalifié en opération non soumise à la TVA, alors même qu’il est impossible ou excessivement difficile pour cet assujetti d’obtenir, de la part du vendeur, le remboursement de la TVA ainsi indûment payée, à condition que cet assujetti puisse diriger sa demande de remboursement directement contre l’administration fiscale.
Dans un arrêt du 13 mars 2025 (affaire C‑640/23), la Cour de justice de l'Union européenne précise que les articles 168 et 203 de la directive 2006/112/CE du 28 novembre 2006, relative au système commun de taxe sur la valeur ajoutée, ainsi que les principes de neutralité de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et d’effectivité, doivent être interprétés en ce sens qu'ils ne s’opposent pas à une réglementation ou à une pratique administrative nationale qui ne permet pas à un assujetti d’obtenir la déduction de la TVA payée en amont sur une opération qui, à la suite d’un contrôle fiscal, a été requalifiée par l’administration fiscale en opération non soumise à la TVA, alors même qu’il apparaît impossible ou excessivement difficile pour cet assujetti d’obtenir, de la part du vendeur, le remboursement de la TVA ainsi indûment payée.
Ces principes exigent toutefois que, dans une telle situation, cet assujetti puisse diriger sa demande de remboursement directement contre l’administration fiscale.
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