Le Conseil d'Etat va dans le sens des juges du fond qui ont estimé qu'il n'était pas établi que la société disposait d'un progiciel de comptabilité pour l'établissement de ses documents comptables.
La cour administrative d'appel de Lyon a rejeté l'appel interjeté par le ministre chargé du Budget contre un jugement déchargeant une société des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés auxquelles elle avait assujettie et des droits supplémentaires de taxe sur la valeur ajoutée mis à sa charge ainsi que des pénalités correspondantes, qui avait été mis à sa charge après vérification de sa comptabilité.
Le Conseil d'Etat se prononce, dans un arrêt du 9 avril 2014, et rejette le pourvoi formé par le ministre délégué.
La Haute juridiction administrative constate qu'il ressort des pièces du dossier soumis aux juges du fond qu'au cours de la vérification dont la société a fait l'objet, le vérificateur, estimant que la comptabilité était tenue au moyen de systèmes informatisés, a demandé à effectuer certains traitements informatiques sur le système de caisses enregistreuses utilisé par la société. Le gérant de la société a indiqué qu'il n'était procédé à aucune totalisation, même partielle, des recettes journalières réalisées grâce aux trois caisses enregistreuses et que la société n'était pas en mesure de mettre à la disposition du vérificateur les données informatiques nécessaires à la réalisation des traitements informatiques envisagés par le vérificateur, dès lors que ces données n'avaient jamais été conservées.
De plus, en estimant qu'il n'était pas établi que la société disposait d'un progiciel de comptabilité pour l'établissement de ses documents comptables, la cour a porté sur les faits de l'espèce une appréciation souveraine exempte de dénaturation. En relevant, outre cette circonstance, que la société, bien qu'elle fût dotée des équipements qui le lui permettaient, ne procédait à aucune centralisation de ses recettes journalières de manière informatique, et en en déduisant que sa comptabilité n'était pas tenue au moyen de systèmes informatisés au sens des articles L. 13 et L. 47 A du livre des procédures fiscales, la cour, qui a suffisamment motivé son arrêt sur ce point, n'a ni dénaturé ni inexactement qualifié (...)