La société civile immobilière A. a conclu un bail à construction portant sur une parcelle lui appartenant avec la société R., pour une durée de 30 ans à compter du 1er mai 1973 avec versement, à l'échéance du bail, d'une indemnité de résiliation au profit du locataire pour tenir compte des additions de constructions édifiées par ce dernier pendant la durée du bail.
Après ces trente années, la SCI vendu le terrain à la société R.
L'administration fiscale a estimé qu'il y avait eu dissimulation d'une indemnité, due à la société R. par la SCI et passible d'enregistrement, au moyen d'une compensation financière qui n'avait été comptabilisée chez aucune des parties à l'acte, et a donc procédé à un rappel de droits d'enregistrement assorti de sanctions pour manquement délibéré.
Dans un arrêt du 10 mars 2011, la cour d'appel de Lyon a annulé les droits d'enregistrement mis à la charge de la SCI et de la société R.
Les juges du fond ont énoncé que "la confusion en la personne de la société R. des qualités de preneur et de bailleur qui en résulte n'avait pas entraîné la résiliation anticipée du bail mais son extinction par confusion des droits" au sens de l'article 1300 du code civil, "de sorte qu'aucun transfert de la propriété des constructions ne s'était produit entre le patrimoine du preneur et celui du bailleur".
La cour d'appel en a déduit que la valeur des constructions ne pouvait entrer dans l'assiette des droits d'enregistrement.
La Cour de cassation valide le raisonnement de la cour d'appel et rejette le pourvoi le 12 juin 2012.
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