Stéphane Alaphilippe a débuté sa carrière en 1994 en tant qu'avocat chez Hadengue Avocats, se spécialisant dans les contentieux pénal et commercial. 
En 2001, il rejoint le cabinet Eversheds, puis en 2005, Ernst & Young (EY). Après quinze ans de pratique juridique, il décide de quitter le monde du barreau pour rejoindre le géant de l'énergie Total en 2011 en tant que juriste senior spécialisé en fusions-acquisitions. En 2019, il assume le rôle de vice-président en charge de l'anticorruption et de la lutte contre la fraude au sein de la société pétrolière française.

Stéphane Alaphilippe a obtenu sa maîtrise en droit international et européen ainsi que son DESS en droit du marché commun à l'université Paris 1 Panthéon-Sorbonne. Il a également enrichi ses connaissances en droit des affaires à l'université Panthéon-Assas. En 2018, il a ajouté une corde à son arc en obtenant un master de Sciences Po, spécialisé en general counsel, strategy & leadership.